A hidrólise enzimática das moléculas maiores é parte fundamental da digestão fermentativa, assim como da digestão glandular ou não-fermentativa. A principal diferença entre os dois processos é que na digestão fermentativa, as enzimas são de origem microbiana e na digestão glandular as enzimas são endógena (provenientes do próprio animal). Outras diferenças fundamentais entre as digestões fermentativas e glandular são as taxas de reações e o grau de alteração das moléculas de substrato.
Geralmente, na digestão não fermentativa, as enzimas atuam de forma mais rápida do que na digestão fermentativa e os substratos se alteram em um grau muito menor.Na digestão fermentativa, o animal usa a cadeia de carbono da proteína para fazer carboidrato, proteína e lipídio. E o tempo do alimento exposto a essas enzimas é muito maior na digestão fermentativa comparado à outra.
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